Sdr  Pdt. Dr. Philemon Indakray, D.Th menjadi calon legislatif untuk DPR pada Pemilu 2009. Dia menjadi calon Partai PPI dari Daerah Pemilihan Papua. Total suara sah pada pemilihan umum untuk DPR dari Papua adalah 1.717.343. Sdr Pdt. Dr. Philemon Indakray, D.Th menerima 586 suara, Jumlah suara ini merupakan 0.03 persen dari semua suara sah di daerah pemilihan ini. BPP yang dicapai calon ini adalah 0 Dalam daftar calon partai PPI. Sdr Pdt. Dr. Philemon Indakray, D.Th menjadi calon nomor 2 dari Partai PPI.

Di Daerah Pemilihan Papua PPI meraih suara sah 19.181 suara. Di antara suara ini sebanyak 20.035 suara diberikan langsung kepada salah satu calon partai PPI sedangkan suara pemilih yang diberikan kepada partai saja sebanyak 854 suara di Daerah Pemilihan Papua. Dengan demikian sebanyak 0.05 persen pemilih PPI di daerah pemilihan Papua memilih salah seorang calon dari partainya.

Anggota DPR yang dipilih di Daerah Pemilihan daerah Papua adalah sebagai berikut:

Daerah No Calon Partai Nama Calon Jml Suara %Total Suara Partai Papua 2 Golkar Paskalis Kossay, S.Pd, MM 179.965 10.48 Papua 1 Hanura Drs. M. Ali Kastella 100.465 5.85 Papua 3 Dem Etha Bulo 79.785 4.65 Papua 1 Golkar Yorrys Raweyai 63.184 3.68 Papua 12 Dem Diaz Gwijangge 59.935 3.49 Papua 1 Dem Freddy Numberi 56.864 3.31 Papua 2 PAN H. Jamaluddin Jafar, SH 54.882 3.2 Papua 3 Golkar Agustina Basik-Basik, S.Sos, MM, Mpd 24.183 1.41 Papua 3 PKB Peggi Patricia Pattipi 23.641 1.38 Papua 1 PDIP Manuel Kaisiepo 15.110 0.88 Hasil untuk Partai PPI Tidak Mendapatkan kursi di daerah pemilihan Papua.

Daftar Semua Calon DPR Daerah Pemilihan Papua

Papua Kab. Asmat Kab. Biak Numfor Kab. Boven Digoel Kab. Dogiyai* Kab. Jaya Wijaya Kab. Jayapura Kab. Keerom Kab. Lanny Jaya* Kab. Mamberamo Raya* Kab. Mamberamo Tengah* Kab. Mappi Kab. Merauke Kab. Mimika Kab. Nabire Kab. Nduga* Kab. Paniai Kab. Pegunungan Bintang Kab. Puncak* Kab. Puncak Jaya Kab. Sarmi Kab. Supiori Kab. Tolikara Kab. Waropen Kab. Yahukimo Kab. Yalimo* Kab. Yapen Waropen Kota Jayapura